Chào bạn Nguyễn Viết Hà. Cám ơn bạn đã gửi câu hỏi đến VOA.
Như bạn đã biết, khi một câu nói trực tiếp direct speech như Where did she go? đổi sang indirect speech thành I did not know where she had gone nghĩa là trong câu indirect speech thứ tự của câu trong mệnh đề phụ là subject + auxiliary verb + past participle of main verb, và simple past đổi thành past perfect tense.
Nếu vì "phản xạ", thứ tự của câu trực tiếp mà bạn dùng nhầm sang câu gián tiếp, thì là sai cú pháp.
Bạn cũng hỏi về ngữ nghĩa có thể hiểu nhầm không. Xin trả lời, trong trường hợp bạn đưa ra, nghĩa trong câu không đổi dù cú pháp có trật.
Tuy nhiên, cũng nên để ý đến nghĩa thứ hai của câu: I know where (ngưng một chút ở đây) had she gone. Câu này có thể hiểu là I know where she would go if she had gone--nếu hiểu had she gone là if she had gone, một lối nói trong mệnh đề chỉ điều kiện. (Tôi biết chỗ cô ta đâu nếu cô ấy đã đi rồi).
Xin vào Google đánh vào "direct and indirect speech" rồi chọn một exercise đổi những câu từ direct speech sang indirect speech (hay reported speech). Làm nhiều lần sẽ quen.
Chúc bạn mạnh tiến.
* Quý vị muốn nêu câu hỏi/ ý kiến/ thắc mắc, xin vui lòng vào trang Hỏi đáp Anh ngữ của đài VOA để biết thêm chi tiết.