Bộ trưởng ngoại giao Indonesia, Retno Marsudi, hôm 29 tháng 1 tuyên bố quốc gia có đa số dân theo Hồi Giáo này lấy làm tiếc về các sắc lệnh di trú mới của Mỹ “thanh lọc nghiêm ngặt” không cho dân từ một số quốc gia Hồi Giáo vào Hoa Kỳ.
Trong sắc lệnh có tầm áp dụng rộng rãi ký hôm thứ Sáu tuần rồi làm dấy lên xáo trộn và lúng túng, ông Trump ra lệnh tạm ngưng 4 tháng không cho người tị nạn vào nước Mỹ và tạm thời cấm những người từ Syria và từ 6 quốc gia khác có đa số dân theo đạo Hồi không được nhập cảnh Hoa Kỳ.
Indonesia, quốc gia có số người theo Hồi Giáo đông nhất thế giới, không nằm trong danh sách 7 nước bị hạn chế. Tuy nhiên, khi được hỏi về kế hoạch “thanh lọc nghiêm ngặt” của ông Trump, Ngoại trưởng Marsudi nói trong một tin nhắn truyền thông xã hội gởi cho Reuters rằng “Chúng tôi hết sức lấy làm tiếc về chính sách này.”
Vào tháng 12 năm 2015, ông Trump kêu gọi cấm tất cả người Hồi Giáo vào Mỹ. Ý kiến gây bão công luận vì gợi ý một cuộc trắc nghiệm về tôn giáo đối với di dân mà phe chỉ trích cho rằng vi phạm Hiến pháp nay đã biến thành một đề nghị “thanh lọc nghiêm ngặt.”
Hầu hết 220 triệu dân Hồi Giáo Indonesia theo một hình thức Hồi Giáo ôn hòa, dù nước này có một số tổ chức Hồi Giáo cực đoan và trong quá khứ đã hứng chịu những cuộc tấn công của các phần tử hiếu chiến.
Indonesia có mối quan hệ chặt chẽ với Hoa Kỳ và nhiều công dân nước này đánh giá cao cựu Tổng thống Barack Obama, người từng trải qua một phần thời thơ ấu tại Indonesia.